1.如果公司停止经营但未注销，将继续存在于工商注册的有效名单中。这意味着公司仍然需要按照法律规定履行各种义务和责任。例如，公司需要定期提交年度报告，更新股东、董事及监事信息等。如果忽视这些义务，公司可能会被列为异常经营名录，影响公司信用，并可能受到行政处罚，如罚款等。

2.未注销的公司仍然需要缴纳相关的税费。即便公司已经停止经营活动，税务机关仍然会按照法律规定对公司进行税务登记并要求缴纳税款。如果公司未能按时申报纳税，就会产生滞纳金和罚款，累积的税务负担可能会对股东及相关责任人造成经济压力。

3.未注销的公司可能成为不法分子利用的对象。一些不法分子可能通过各种手段控制这类公司，进行非法活动，如洗钱、欺诈等。这不仅会导致原有股东和管理层名誉受损，还可能涉及法律诉讼，给股东及相关责任人带来法律责任。

4.公司如果未注销，其商标、专利等知识产权仍注册在公司名下，可能因管理不善而被侵权或流失。这不仅损害了公司的资产价值，也可能错失通过转让、许可等方式进行商业化利用的机会。

5.不注销公司还会影响股东的信用记录。根据相关规定，公司存在未清理的债务或纠纷未解决时，股东可能会被限制出境或影响个人信用评级。这会给股东的日常生活和财务活动带来不便。

综上所述，公司停止经营后未能及时注销，将面临多方面的风险和问题。因此，建议公司在决定停止经营后，应及时向工商部门申请注销登记，妥善处理相关税务、债务和法律事务，以维护公司及股东的合法权益。

常见Q&A：

Q1: 公司停止经营后多久需要注销？ A1: 应在决定停止经营后尽快办理注销手续，通常情况下，法律并没有明确规定具体时间，但越早处理越好。

Q2: 注销公司需要哪些主要步骤？ A2: 主要包括清算公司债务、办理税务注销、申请工商注销等步骤。

Q3: 如果公司已经停止经营多年，现在才想注销，应如何操作？ A3: 即使停止经营多年，也可以随时申请注销。需要补办之前未完成的年度报告和税务申报等，然后按正常程序办理注销。

Q4: 注销公司是否需要所有股东同意？ A4: 根据公司法规定，注销公司通常需要获得股东会或股东大会的同意。

Q5: 公司未注销会影响股东的其他公司经营吗？ A5: 可能会影响，例如股东的信用记录受损可能会影响其在其他公司的信贷评级或投资活动。