当自然人股东将其持有的股权转让给他人时，根据税法规定，转让方需要缴纳个人所得税。接下来，我们将通过一个具体案例来详细了解自然人股东转让股权时个人所得税的计算方法。

首先我们来看一下文件依据：

《股权转让所得个人所得税管理办法》

第四条 个人转让股权，以股权转让收入减除股权原值和合理费用后的余额为应纳税所得额，按“财产转让所得”缴纳个人所得税。

合理费用是指股权转让时按照规定支付的有关税费。

根据上面的文件，网校总结了自然人股权转让个人所得税计算的主要步骤：

一、确定股权转让收入

股权转让收入应当按照公平交易原则确定，即纳税人转让股权应获得与之相匹配的回报，无论回报是何种形式或名义，都应作为股权转让收入的组成部分。

二、确定股权原值

股权原值是指股权的原始成本，包括购买股权时支付的价款及相关税费等。如果是通过赠与等方式取得的股权，股权原值则按照实际情况确定。

三、确定合理费用

合理费用包括与股权转让直接相关的税费，例如：印花税、评估费、律师费等。

四、计算应纳税所得额

应纳税所得额 = 股权转让收入 - 股权原值 - 合理费用

五、计算应缴纳的个人所得税：

个人所得税 = 应纳税所得额 × 20%

接下来，我们看一个具体案例，大家就会对股权转让个人所得税的计算印象更加深刻了。

假设某自然人股东正*保将自己持有的A公司股权以500万元的价格转让给了另一自然人中*煕，该股权的原值为400万元，转让过程中产生了合理的费用共计10万元（包括印花税等）。请计算自然人正*保应缴纳的个人所得税是多少？

确定股权转让收入：500万元

确定股权原值：400万元

确定合理费用：10万元

计算应纳税所得额：500万元 - 400万元 - 10万元 = 90万元

正*保应缴纳的个人所得税：90万元 × 20% = 18万元

因此，自然人股东正*保在本次股权转让中应缴纳的个人所得税为18万元。

需要注意的是，在某些情况下，如果股权转让收入明显偏低且无正当理由，税务机关有权按照相关规定核定股权转让收入。