企业为满足扩大生产经营规模的需要，往往需要设立一些分支机构，设立分支机构后相关的申报纳税要注意哪些问题呢？一起来看看，设立分支机构后常见的涉税问题。
01问：跨地区经营的分支机构营业账簿如何申报缴纳印花税？
答：根据《国家税务总局关于印花税若干具体问题的规定》（（1988）国税地字第25号）规定：“跨地区经营的分支机构使用的营业账簿，应由各分支机构在其所在地缴纳印花税。对上级单位核拨资金的分支机构，其记载资金的账簿按核拨的账面资金数额计税征收印花税；对上级单位不核拨资金的分支机构，营业账簿不征收印花税。为避免对同一资金重复计征，上级单位记载资金的账簿，应按扣除拨给下属机构资金数额后的其余部分计征印花税。”
02问：所有的二级分支机构都需要就地分摊企业所得税吗？
答：根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第五条规定：“以下二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税：
（一）不具有主体生产经营职能，且在当地不缴纳增值税、营业税的产品售后服务、内部研发、仓储等汇总纳税企业内部辅助性的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。
（二）上年度认定为小型微利企业的，其二级分支机构不就地分摊缴纳企业所得税。
（三）新设立的二级分支机构，设立当年不就地分摊缴纳企业所得税。
（四）当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。
（五）汇总纳税企业在中国境外设立的不具有法人资格的二级分支机构，不就地分摊缴纳企业所得税。“
03问：我公司在外地成立独立核算的分支机构，是否应当独立计算申报并就地缴纳企业所得税？
答：居民企业在中国境内跨地区（指跨省、自治区、直辖市和计划单列市）设立不具有法人资格分支机构的，该居民企业为跨地区经营汇总纳税企业，除另有规定外，其企业所得税征收管理适用国家税务总局公告2012年第57号的规定（统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库）。因此，分支机构是否独立核算，不影响所得税汇总缴纳。
04问：分支机构是否可以独立享受小型微利企业所得税减免政策？
答：现行企业所得税实行法人税制，企业应以法人为主体，计算并缴纳企业所得税。《中华人民共和国企业所得税法》第五十条第二款规定“居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税”。由于分支机构不具有法人资格，其经营情况应并入企业总机构，由企业总机构汇总计算应纳税款，并享受相关优惠政策。
因此，企业设立不具有法人资格的分支机构，应当先汇总计算总机构及其各分支机构的从业人数、资产总额、年度应纳税所得额，再依据各指标的合计数判断是否符合小型微利企业条件。
05问：跨地区经营汇总纳税企业上一季度不符合小型微利企业条件，已由分支机构就地预缴分摊税款，本季度按现有规定符合小型微利企业条件，上季度已就地分摊预缴的企业所得税如何处理？
答：汇总纳税企业如果上季度不符合小型微利企业条件，本季度符合条件，其总机构和二级分支机构多预缴的税款，根据《国家税务总局关于落实小型微利企业所得税优惠政策征管问题的公告》（国家税务总局公告2023年第6号）规定，可在以后季度应预缴的企业所得税税款中抵减。
06问：总公司设立在上海，分支机构设立在西部大开发税收优惠地区，分支机构是否能够单独享受西部大开发企业所得税优惠政策？
答：可以享受。
根据《国家税务总局关于深入实施西部大开发战略有关企业所得税问题的公告》（国家税务总局公告2012年第12号）第六条规定，总机构设在西部大开发税收优惠地区外的企业，其在优惠地区内设立的分支机构（不含仅在优惠地区内设立的三级以下分支机构），仅就该分支机构所得确定适用15%优惠税率。在确定该分支机构是否符合优惠条件时，仅以该分支机构的主营业务收入是否符合《西部地区鼓励类产业目录》及其主营业务收入占其收入总额的比重加以确定。该企业应纳税所得额的计算和所得税缴纳，按照国税发〔2008〕 28号第十六条和国税函〔2009〕 221号第二条的规定执行。
07问：总公司设立在上海，分支机构设立在海南自由贸易港，分支机构是否能够单独享受海南自贸港企业所得税优惠政策？
答：可以享受。
根据《关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策的通知》（财税〔2020〕31号）、《关于海南自由贸易港企业所得税优惠政策有关问题的公告》（国家税务总局海南省税务局公告2020年第4号）规定，对总机构设在海南自由贸易港以外的企业，仅就其设在海南自由贸易港的分支机构（不含在海南自由贸易港以外设立的二级以下分支机构在海南自由贸易港设立的三级以下分支机构）判断是否符合规定条件，适用15%税率，设在自贸港以外的总机构和分支机构不纳入判断范围。
08问：跨地区经营汇总纳税企业如何办理汇算清缴手续？
答：根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第十条规定，汇总纳税企业应当自年度终了之日起5个月内，由总机构汇总计算企业年度应纳所得税额，扣除总机构和各分支机构已预缴的税款，计算出应缴应退税款，按照本办法规定的税款分摊方法计算总机构和分支机构的企业所得税应缴应退税款，分别由总机构和分支机构就地办理税款缴库或退库。汇总纳税企业在纳税年度内预缴企业所得税税款少于全年应缴企业所得税税款的，应在汇算清缴期内由总、分机构分别结清应缴的企业所得税税款；预缴税款超过应缴税款的，主管税务机关应及时按有关规定分别办理退税。
09问： 汇总纳税企业所得税的二级分支机构准备注销，注销前分支机构是否要提前申报季度和年度的企业所得税？
答：根据《国家税务总局关于印发〈跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法〉的公告》（国家税务总局公告2012年第57号）第五条第四项规定，当年撤销的二级分支机构，自办理注销税务登记之日所属企业所得税预缴期间起，不就地分摊缴纳企业所得税。“自办理注销税务登记之日”是指税务机关受理注销申请之日。因此，汇总纳税的分支机构，无需提前办理企业所得税纳税申报。