实务中，一个房地产企业可能开发多个项目，采用不同计税方法，或同一项目内部存在不同计税方法的情况。在房地产企业交付时，往往不是所有项目同时交付，可能先交付其中一部分项目，甚至只交付一个项目中的部分楼栋，这就涉及一系列具体的税务处理：房地产企业预缴的税款后期如何抵减？这些情况是否影响房地产增值税的抵减？如果影响，具体应该如何处理？

 不同计税方法的税务处理 

A房地产公司开发某项目，该项目分为一期和二期。一期于2016年4月30日前开工，适用简易计税方法，二期于2016年5月1日后开工，适用一般计税方法。2023年7月，一期验收交房，截至当年7月底，一期累计预缴增值税7000万元，二期累计预缴增值税1000万元。2023年8月，A公司计算得出，一期应纳增值税额11667万元。

《国家税务总局关于发布〈房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法〉的公告》（国家税务总局公告2016年第18号）第十四条规定，一般纳税人销售自行开发的房地产项目适用一般计税方法计税的，应按照《营业税改征增值税试点实施办法》（以下简称《试点实施办法》）第四十五条规定的纳税义务发生时间，基于当期销售额和适用税率计算当期应纳税额。抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税。未抵减完的预缴税款，可以结转下期继续抵减。同时，一般纳税人销售自行开发的房地产项目适用简易计税方法计税的，应按照《试点实施办法》第四十五条规定的纳税义务发生时间，以当期销售额和5%的征收率计算当期应纳税额。抵减已预缴税款后，向主管税务机关申报纳税。未抵减完的预缴税款可以结转下期继续抵减。

目前，对房地产企业一般计税方法和简易计税方法能否相互抵减没有明确规定。部分企业在具体税务处理时进行了混抵，部分企业为了防范税务风险，按照比较严格的口径做了处理。如果一般计税方法下和简易计税方法下税款不相互抵减，那么A企业一期项目只能抵减简易计税方法对应的预缴税款7000万元，不能抵减一般计税方法对应的预缴税款1000万元。

 其他情形的税务处理 

在实践中，还有一些更为严格的处理方式。分期处理就是其中的一种。也就是说，一种计税方法的预缴税款，只能用来抵减本项目本期的应纳税款。即使是同一计税方法，不同分期的预缴税款也不能相互抵减。比如，B公司开发某项目，该项目分为一二期，均适用一般计税方法。2018年7月一期交房，截至7月底，一期累计预缴增值税7000万元，二期累计预缴增值税1000万元。那么，一期只能抵减一期对应的预缴税款7000万元，不能抵减二期对应的预缴税款1000万元（留待二期结转时抵减）。

同时，还有观点认为，预缴税款需对应到具体收入上。比如，C公司一期1栋和2栋项目均按一般计税方法计税，1栋交房结转收入2000万元，对应的预收账款1600万元，结转后产生应收账款400万元；2栋此时尚未交房，对应的预收账款3200万元。1栋和2栋项目在预售阶段，填写同一张预缴申报表（同一项目同一计税方法），已预缴税款144万元。则1栋结转收入时，可以抵减60（2000×3%）万元预缴税款（3%为房地产企业预缴率，为便于理解，此处不考虑价税分离，下同）。这种方式相当于只能抵减交房楼栋对应的已预缴税款，同一分期内如果还存在其他楼栋已预售未交房，则不能抵减这部分预售未交房产生的预缴税款。

此外，还有观点认为，预缴税款需对应交房部分的预收账款。接上例，C公司在1栋结转收入时，假设在没有收齐全款的情况下，只能基于预收账款金额抵减48（1600×3%）万元预缴税款，比收入结转口径（2000万元）少抵减12万元。

提醒，在具体操作执行中，对此问题的处理可能存在不同理解。如果纳税人遇到这一问题时，应当具体问题具体分析处理，并保持与主管税务机关的充分沟通，避免引发税务风险。