应申报未申报
企业当年发生关联交易，或是成为了被指定报送国别报告的企业，企业在年度汇算清缴时未进行关联申报。
解决方法：企业应当就其与关联方之间的业务往来进行关联申报。
02关联交易金额与所得税年报表信息不匹配
《中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》企业境外关联交易金额为0，但是当年企业所得税年度纳税申报表的《企业所得税年度纳税申报基础信息表》中“是否存在境外关联交易”，选择“是”；《中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》企业境外关联交易金额不为0，但是当年企业所得税年度纳税申报表的《企业所得税年度纳税申报基础信息表》中“是否存在境外关联交易”，选择“否”。
解决方法：按照实际发生的关联交易金额进行关联申报；并应保持《中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》与《企业所得税年度纳税申报基础信息表》中信息匹配。
03关联交易金额与对外支付信息不匹配
《中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》企业境外关联交易金额为0，但是所属年度填报的《服务贸易等项目对外支付税务备案表》中，“境内外机构是否关联”选择“是”。
解决方法：核实《服务贸易等项目对外支付税务备案表》的支付内容，按实际情况进行关联申报，并应保持《中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》与《服务贸易等项目对外支付税务备案表》中信息匹配。
04非必要零申报
企业当年未发生关联交易，且不是被指定报送国别报告的企业，企业却进行了关联申报零申报。
解决方法：企业年度内未与关联方发生业务往来，且不符合国别报告报送条件的，该种情况可不进行关联申报。已申报的，可以删除申报信息。
05上市公司信息有误
关联申报表中的《报告企业信息表》中的“上市公司”的选项与企业所得税年度申报表中的《企业所得税年度纳税申报基础信息表》中“上市公司”填报信息不匹配。如在关联申报中选择“否”，但在所得税年报中选择“境内上市”或“境外上市”。
解决方法：按实际情况进行关联申报，并应保持《报告企业信息表》与《企业所得税年度纳税申报基础信息表》中信息匹配。
06最终控股企业信息与财务分析表信息不匹配
关联申报表中的《报告企业信息表》中的“企业集团最终控股企业”选择“是”，但是未报送《年度关联交易财务状况分析表》（报告企业合并报表信息）。
解决方法：核实企业是否属于最终控股企业，若属于最终控股，则需要填报《年度关联交易财务状况分析表》（报告企业合并报表信息）；若不属于最终控股，则选择“否”。
07关联交易金额与勾选提交主体文档不匹配
关联申报表中的《报告企业信息表》中的“本年度准备同期资料”中未勾选“主体文档”，但是在《中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》中年度关联交易总额超过10亿元，且境外关联交易金额大于0；关联申报表中的《报告企业信息表》中的“本年度准备同期资料”中勾选“主体文档”，但是在《中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》中年度关联交易总额未超过10亿元。
解决方法：核实关联交易金额，对达到准备主体文档要求的在《报告企业信息表》中勾选“主体文档”，并在后期按要求提交主体文档。
08关联交易金额与勾选提交本地文档不匹配
关联申报表中的《报告企业信息表》的“本年度准备同期资料”未勾选“本地文档”，但是在《中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》中境外关联交易金额大于0，且当年整体关联交易金额达到《国家税务总局关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》（2016年42号）第13条的规定金额；关联申报表中的《报告企业信息表》“本年度准备同期资料”勾选了“本地文档”，但是在整体关联交易金额未达到《国家税务总局关于完善关联申报和同期资料管理有关事项的公告》（2016年42号）第13条的规定金额。
解决方法：核实关联交易金额，对达到准备本地文档要求的在《报告企业信息表》中勾选“本地文档”，并在后期按要求提交本地文档。
09成本分摊协议与特殊性事项文档信息不匹配
关联申报表中的《报告企业信息表》中的“签订或者执行成本分摊协议”选择“是”，但在《报告企业信息表》中的“本年度准备同期资料”中未勾选“特殊事项文档”；关联申报表中的《报告企业信息表》中的“签订或者执行成本分摊协议”选择“否”，但在《报告企业信息表》中的“本年度准备同期资料”中勾选“特殊事项文档”。
解决方法：企业核实是否签订成本分摊协议，确有成本分摊协议的，需在“签订或者执行成本分摊协议”选择“是”，并且在“本年度准备同期资料”中勾选“特殊事项文档”。
10成本分摊协议与所得税年报表信息不匹配
关联申报表中的《报告企业信息表》中的“签订或者执行成本分摊协议”选择“是”，但在《中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》中未勾选“成本分摊协议信息”；关联申报表中的《报告企业信息表》中的“签订或者执行成本分摊协议”选择“否”，但在《中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》中勾选“成本分摊协议信息”。
解决方法：企业根据实际情况填报，并应保持《报告企业信息表》与《中华人民共和国企业年度关联业务往来汇总表》中信息匹配。
11无境外关联交易勾选准备同期资料
关联申报表中的《报告企业信息表》中的“本年度准备同期资料”中勾选“主体文档”、“本地文档”、“特殊事项文档”之一的。
解决方法：核实关联交易金额，确无境外关联交易的，不勾选“主体文档”、“本地文档”以及“特殊事项文档”。
12财务状况分析表数据与所得税年报表数据不匹配
关联申报表中的《年度关联交易财务状况分析表（报告企业个别财务报表信息）》中的财务数据合计数与企业所得税年度纳税申报表的主表对应项目数据不匹配。
解决方法：企业根据实际情况填报，并应保持《年度关联交易财务状况分析表（报告企业个别财务报表信息）》与企业所得税年度纳税申报表的主表对应项目信息匹配。
13个别财务报表未填报
关联申报表中的《年度关联交易财务状况分析表（报告企业个别财务报表信息）》未填报。
解决方法：企业根据实际情况填报《年度关联交易财务状况分析表（报告企业个别财务报表信息）》
14关联关系起始日期有误
关联申报表中的《境外关联方信息表》中的“起始日期”中填报时间晚于关联申报“报告年度所属期间”截止日期。
解决方法：企业填报的关联方应属于报告年度内存在关联关系，其“起始日期”应早于“报告所述期间”的截止日期。
15关联关系截止日期有误
关联申报表中的《境外关联方信息表》中的“截止日期”中填报时间早于关联申报“报告年度所属期间”起始日期。
解决方法：企业填报的关联方应属于报告年度内存在关联关系，其“截止日期”应晚于“报告所述期间”的起始日期。