其主要有：

1、企业所属行业。不同行业企业账务处理涉及的知识面不同，对会计人员的专业性要求也不同。所以收费标准自然不一。对于那些特殊行业企业的小规模纳税人来说，由于其记账报税相对复杂，账务处理对会计人员的专业水平要求较高。所以，代理记账收费相较于普通行业小规模纳税人来说自然要较高一些。

2、票据量的大小。对于不同的小规模纳税人企业来说，它们在经营期间开具和收取的票据量不同。而票据量又对账务处理工作量产生影响，所以，对于票据量大的小规模纳税人企业来说，其账务处理工作量大，记账报税相对繁重，所以，代理记账费用要比票据量小的小规模纳税人高。

3、代理记账机构服务水平。当前，市场中代理记账机构众多，不同的代理记账机构专业性、正规性不同，服务水平和服务能力也存在着差别。所以，对于经营正规、服务专业的代理记账公司来说，其为小规模纳税人企业进行账务处理，由于服务期间花费的人力、物力成本高，所以代理记账收费也会略高一些。