该流程具体为：

1、由企业自己对市面上的审计代理机构进行考察和选择，选择一个靠谱的审计代理机构（需具备营业执照和经营许可）；

2、双方进行初步洽谈，同时审计代理机构对审计风险进行评估，如若评估通过，双方确立合作关系，由审计代理机构方面主导，与委托企业签署正式审计服务协议；

3、审计代理机构组建审计工作小组，安排审计人员深入了解委托企业的经营环境、背景材料，制定具体审计工作计划。同时，发放给委托企业审计资料清单，告知其所需准备的审计材料；

4、在准备工作完成后，向委托企业发放《审计通知书》（通常为审计工作开展前三日），明确具体审计时间；

5、审计人员入场，开展高新技术企业专项审计。并对期间发现的问题和线索进行详细记录；

6、根据审计记录形成审计报告初稿，形成初步审计意见，与委托企业负责人交换审计意见；

7、在双方确认无误的基础上，出具正式高新技术企业审计报告。